La sede dos en sus comienzos se llamó: Escuela Urbana de Varones San Rafael.
Llamada así por estar ubicada en la calle San Rafaél , calle cinco No 5-54. En el año1950 funcionaban tres cursos y, las docentes que laboraban eran: Carmen Bilbao, Mery Alvarado, Celia Barros de Solano.
Años más tarde construyeron dos aulas más y funcionaban los cinco grados de Primaria, y laboraba el profesor Jesús Molinares Luque y Rosa María Crespo. Jesús Molinares, el director de la escuela, le cambia el nombre y la llama: «San Pedro Claver», deja ser escuela de varones para convertirse en una escuela mixta. Actualmente es la sede del preescolar.
Está escuela ha funcionado desde el año 1958.